（2024年4月24日現在）
もくじ
コード決済（スマホ決済）
ジュンク堂書店・丸善で使えるコード決済は、以下の通りです。
・PayPay（ペイペイ）
・楽天ペイ（アプリ決済）
・d払い（コード決済）
・Smart Code（スマートコード）／LINE Pay（ラインペイ）、メルペイ、au PAY（エーユーペイ）、ゆうちょPay（銀行Pay）、FamiPay（ファミペイ）、ANA Pay、JAL Pay、EPOS Pay、MyJCB Pay、など
・クオカードPay（クオカードペイ）
対応していないコード決済は、Bank Pay（バンクペイ）、J-Coin Pay（ジェイコインペイ）、アリペイ、ウィーチャットペイ、ネイバーペイ、などです。
クレジットカード・電子マネーは使える？
ジュンク堂書店・丸善では、各種クレジットカード（VISA・MasterCard・JCB・AMEX・Diners）はどれも使えます。
各種電子マネー（交通系電子マネー、楽天Edy、iD、QUICPay、WAON、nanaco）は、店舗により対応状況が異なります。
Suica（交通系電子マネー）や楽天Edyに対応している店舗が多いです。iD、QUICPay、nanacoも対応している店舗があります。
WAONが使える店舗は無いようです。
ちなみに、オリコカードとの提携による「hontoポイント+丸善ジュンク堂カード」というクレジットカードがあります。年間利用金額10万円ごとにクオカード1000円分がもらえたり、購入した本の配送料金が無料（対象店舗で3000円以上購入の場合）になるなどの特典があります。ポイントカード機能も付いています。年会費は有料（1250円+消費税。初年度無料）ですが、年間10万円以上利用すると無料になります。頻繁にジュンク堂書店（丸善も含む）を利用するのならば、申し込んでもよいのではないでしょうか。
また、三井住友カードとの提携による「MARUZEN JUNKUDO VISAカード」もありますが、こちらは現在あまり推されていないようです。
そのほかの支払い方法は？
ジュンク堂書店・丸善では、プリペイドカードである図書カードNEXT・図書カード・クオカードが支払いに使えます。
クレジットカード会社発行の各社ギフトカード（商品券）も使えます。
丸善商品券も使えます。これは、ジュンク堂書店を運営している会社である、丸善CHIホールディングス株式会社の株主優待品としてももらうことができます。
ポイントカード
「hontoポイント」（ホントポイント）が、税抜200円ごとに1ポイント貯まります。貯めたポイントは、1ポイント=1円相当で支払いに充当できます。hontoカード（発行無料）またはスマホアプリ（honto with）を提示することで、hontoポイントを貯めたり使ったりできます。
また、共通ポイントカードであるPontaポイント・dポイント・楽天ポイント・Vポイント（旧Tポイント）にも対応しています（一部店舗を除く）。税別200円ごとに1ポイント貯まります。
Pontaカード・dポイントカード・楽天ポイントカード・Vポイントカードのいずれかを提示することで、ポイントを貯めたり使ったりできます。1ポイント=1円相当で支払いに充当できます。
hontoポイントと共通ポイント（Pontaポイント・dポイント・楽天ポイント・Vポイント）は、ダブルで貯められます。使える共通ポイントカードは、いずれか1つのみとなります。
※一部の店舗では、Vポイントに対応していません。また、セルフレジはVポイントに対応していません。
消費税の軽減税率への対応
ジュンク堂書店・丸善では、書籍・雑誌・文房具・雑貨など、販売されているすべての商品で消費税率10％が適用されます。
※軽減税率8％の対象となる飲食料品は、ジュンク堂書店・丸善では取り扱いがありません。
「キャッシュレス・ポイント還元事業（消費者還元事業）」は対象外でした。