コード決済
ドラッグストアのマツモトキヨシ（グループの「どらっぐぱぱす」なども含む）で使えるコード決済は、以下の通りです。
（2021年12月3日現在）
・PayPay（ペイペイ）
・LINE Pay（ラインペイ）
・楽天ペイ（アプリ決済）
・d払い（コード決済）
・au PAY（エーユーペイ）
・メルペイ（コード決済）
・クオカードPay
・アリペイ
対応していないコード決済は、ゆうちょPay（銀行Pay）、FamiPay（ファミペイ）、ウィーチャットペイ、ネイバーペイ、などです。
コード決済と、JAFやチラシ、アプリなどの割引クーポンとの併用は可能です。
クレジットカード・電子マネーは使える？
マツモトキヨシでは、各種クレジットカード （VISA・MasterCard・JCB・AMEX・Diners） が使えます。
また、電子マネーは楽天Edy、交通系電子マネーが使えます。iD、QUICPayも使える店舗もあります。nanaco、WAONはおそらく使えません。
そのほかの支払い方法は？
マツモトキヨシでは、クレジットカード各社発行のギフトカード（商品券）が使えます。
また、クオカードも使えます。
マツモトキヨシ商品券（株主優待としてももらえます）も使えます。
併用できるポイントカード
マツモトキヨシでは、コード決済と合わせて、ポイントカードも使えます。
（マツキヨポイント・dポイントの両方を合わせてためることができます）
・マツキヨポイント
マツモトキヨシ独自のポイントです。マツモトキヨシ現金ポイントカード、マツモトキヨシメンバーズクレジットカード、マツモトキヨシ公式アプリなどで貯められます。
通常は100円（税別）につき1ポイント貯まります。200ポイント以上1ポイント単位で、1ポイント＝1円として値引きに使えます。
・dポイント
共通ポイントです。dポイントカード、dポイントクラブアプリなどで貯められます。
100円（税別）につき1ポイント貯まります。1ポイント＝1円として使えます。
マツキヨポイントと重複して貯めることができます。
※d払いで決済する場合でも、dポイントカード（アプリ可）を提示することで、d払いの決済ポイントとは別に、dポイントが100円（税別）につき1ポイント貯まります。
クーポン
マツモトキヨシでは、公式スマホアプリにある「マツキヨルーレット」を回して当たると、対象商品が最大20％OFFになるクーポンがもらえます。
また、JAFの会報誌に同封されるチラシに、10％OFFなどのクーポンが掲載されていることもあります。
消費税の軽減税率への対応
マツモトキヨシでは、医薬品・医薬部外品・化粧品・日用品・衛生用品などには消費税率10％の標準税率が適用されます。飲食料品には、消費税率8％の軽減税率が適用されます。
「キャッシュレス・ポイント還元事業（消費者還元事業）」は対象外でした。