2019年6月3日から、PayPayがオンライン決済にも対応しました。
2019年6月3日からPayPayのオンライン決済に対応するのは、以下のサイトです。
Yahoo!ショッピング
ヤフオク！
2019年6月18日からは、以下のサイトにも対応します。
LOHACO（ロハコ）
その後も、対応するサイトやYahoo!関連サービスは増えていく予定です。
PayPay残高から1円単位で利用額を設定できます（PayPay残高で全額支払うことも、一部を支払うことも可能です）。また、Tポイントと併用することもできます。残額はクレジットカードでの支払いとなります。
オンライン決済でのポイント還元
PayPayのオンライン決済では、決済額の1％がPayPayボーナスとして付与されます。
付与上限は1回あたり5,000円、1月あたり30,000円まで（PayPay加盟店において付与される通常のPayPayボーナスとの合算額）です。
コード決済（最大3％還元）とは還元率が異なります。
また、20回に1回当たる「PayPayチャンス」は、オンライン決済では対象外となります。
オンライン決済で使える支払い方法
PayPayのオンライン決済で使えるのは、PayPay残高（PayPayライト・PayPayボーナス・PayPayボーナスミニ）のみです。
ヤフーマネー、クレジットカードは使えません。
Yahoo! JAPANカード（ヤフーカード）であれば、あらかじめPayPay残高にチャージすることで、オンライン決済でも使えます。この場合、ヤフーカードでチャージするときに1％還元、さらにPayPayのオンライン決済利用時に1％還元となり、合わせて2％還元となります。
（ヤフーカードの新規申込受付は、2021年11月30日19時をもって終了しました）